Ngày 26/03/2025, Phòng cảnh sát QLHC về TTXH – Công an Thành phố Hà Nội đã cấp Giấy chứng nhận số 02039/2025/ĐKMCD về việc đăng ký mẫu con dấu cho Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm. Ngày 24 tháng 3 năm 2025, Trưởng phòng GD&ĐT Quận Cầu Giấy đã ký Quyết định số 50/2025/QĐ-PGDĐT về việc cho phép hoạt động giáo dục đối với Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm. Tính đến ngày 24/3/2025, các thủ tục đã được hoàn tất để Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm có thể triển khai tuyển sinh từ năm học 22025-2026.

Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm, trực thuộc trường Đại học Sư phạm Hà Nội được thành lập ngày 28 tháng 02 năm 2025 theo quyết định số 282/2025/QĐ-UBND của Ủy ban Nhân dân quận Cầu Giấy, thành phố Hà Nội.

Ngày 05/03/2025, Hiệu trưởng Trường ĐHSPHN đã ký Quyết định số 786/QĐ-ĐHSPHN về việc cử ThS. Phạm Minh Phương – Phó Hiệu trưởng Trường THPT Chuyên Đại học Sư phạm giữ chức vụ Hiệu trưởng Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm đầu tiên và Quyết định số 788/QĐ-ĐHSPHN về việc cử TS. Thái Thị Cẩm Trang – Phó Giám đốc Trung tâm Phát triển Giáo dục và Công nghệ số, trường Đại học Sư phạm giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm đầu tiên.

Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm được hình thành dựa trên nhu cầu thực tiễn và sự tâm huyết của nhiều thế hệ Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, Trường THPT Chuyên Đại học Sư phạm và sẽ là nơi ươm mầm tài năng cho đất nước.

Năm học 2019-2020, Nhà trường tuyển sinh khóa đầu tiên với chỉ tiêu 105 học sinh, chia thành 3 lớp 6.